Proses perjalanan Fakultas Sains dan Teknologi (FST) Universitas Airlangga tidak lepas dari keberlanjutan sejarah berdirinya Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Unair sejak tahun 1982 (SK Rektor Unair no. 6400/PT.03/I/1982). Saat itu ada 4 jurusan yaitu S1 Fisika, S1 Biologi, S1 Kimia dan S1 Matematika. Berdasarkan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, teknologi informasi dan kebutuhan masyarakat tentang beberapa tenaga di bidang sistem informasi dan instrumentasi medis, serta tenaga ahli di bidang pengelolaan lingkungan, maka sangat diperlukan pengembangan prodi-prodi baru yang menunjang hal tersebut, di antaranya Sistem Informasi, Teknik Biomedis, Statistika, dan Teknik Lingkungan. Berdirinya program studi baru tersebut memberikan dampak besar terhadap evaluasi nama Fakultas yang sudah harus disesuaikan. Hingga akhirnya pada tanggal 10 April 2008 dengan berdasarkan SK Rektor No. 3294/J03.OT/2008 telah ditetapkan perubahan nama FMIPA menjadi Fakultas Sains dan Teknologi (FST). Perubahan ini telah membawa dampak yang besar bagi perkembangan akademik, keilmuan dan pencitraan fakultas secara keseluruhan. Perkembangan yang luar biasa dalam aktivitas Tri Darma PT yang ditandai dengan berkembangnya program studi di FST hingga tahun 2020.

Program Studi Magister Teknik Biomedis Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga didirikan pada tahun 2012 melalui SK pendirian prodi no. 8981/H3/KR/2012 yang awalnya bernama Teknobiomedik. Penyelenggaraan prodi pada tahun 2013 di Pascasarjana Universitas Airlangga, berdasarkan Surat Keputusan Rektor No. 26/UN3/KR/2013. Saat pertama kali diselenggarakan proses pembelajaran pada tahun akademik 2012/2013 hingga kini Program Studi Magister Teknik Biomedis diikuti oleh mahasiswa yang berasal dari berbagai daerah di Indonesia yang memiliki latar belakang profesi yang berbeda serta latar belakang pendidikan sarjana yang berbeda pula. Pada tahun 2018 berdasarkan SK no. 898/UN3/2018 tentang penataan penamaan program studi di lingkungan Universitas Airlangga, maka nama prodi Teknobiomedik berubah menjadi Teknik Biomedis.

Sejak tanggal 18 Januari 2019, melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Airlangga Nomor 160/UN3/2019, telah ditetapkan peralihan pengelolaan Program Studi Magister Teknik Biomedis dari Sekolah Pascasarjana ke Fakultas Sains dan Teknologi. Serah terima dari Direktur Sekolah Pascasarjana ke Dekan Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Airlangga dilakukan pada tanggal 11 Februari 2019.